[編集] 2000年〜2001年
2000年に入ると、直後の1月26日に『恋のダンスサイト』が発売され、オリコンによると約123万枚の売り上げを記録した。その後、『ハッピーサマーウエディング』（5月17日発売）や『恋愛レボリューション21』（12月13日発売）も100万枚を超える大ヒットを記録した。
石黒彩が2000年1月8日に卒業した後、4月には4期メンバーとして石川梨華・吉澤ひとみ・辻希美・加護亜依が加入し、さらに翌5月には市井紗耶香が卒業した。
この頃から中国ブレンド茶「飲茶楼」（2月、JT）や「Dream Net」（4月、現・OCN）を始めCMに多く出演するようになる。また、本グループがメインで出演する単発特別番組も放送されるようになる。
2000年3月29日に発売されたサードアルバム『3rd〜LOVEパラダイス〜』で本グループのアルバムでは初のミリオンを達成した。
2000年4月には、『ハロー!モーニング。』（テレビ東京系、2007年4月8日より「ハロモニ@」に移行）と『フライデーナイトはお願い!モーニング』（日本テレビ系〈テレビ岩手制作〉、2001年9月終了）の放送がスタートした。この2つのレギュラーテレビ番組に出演してから「ASAYAN」も卒業となり、以降同番組では不定期でモーニング娘。の企画が放送された。
2000年5月に東映系で初主演映画『モー娘。走る!ピンチランナー』が公開される。
2001年1月に矢口真里をリーダーとして結成されたミニモニ。が早くも低年齢層に受け入れられ、一気にファン層を拡大した。
2001年頃からメンバーそれぞれの個人活動が多くなるとともに、併せてメンバーのソロ写真集が発売されるようになる。
2001年1月31日に発売された初ベストアルバム『ベスト! モーニング娘。1』がトリプルミリオンに迫る売り上げを記録した。
この頃、ほとんど毎週のように「うたばん」（TBS系）にゲスト出演し、個人の知名度が一気に向上する（2006年9月22日に放送された『とくばん』で発表された同番組へのゲスト出演回数は第1位）。
また、「めちゃ²イケてるッ!」（フジテレビ系）の中でも『私立岡村女子高等学校。』として各メンバーの個性にクローズアップした企画が何度か放送された。同番組では国民的アイドルグループと紹介され、これ以降マスコミ各社も国民的アイドルと形容するようになった。
同グループとして初のゴールデンタイムでのレギュラーテレビ番組『モー。たいへんでした』（日本テレビ系）も始まる（2001年4月〜2002年3月）。
2001年4月16日に初代リーダーだった中澤裕子が卒業し、同時に後任のリーダーに飯田圭織が就任、飯田より年上だった保田圭はサブリーダーに就任した。また、同時期に石川梨華がカントリー娘。の助っ人として呼ばれ、「カントリー娘。に石川梨華（モーニング娘。）」として活動を開始した。
2001年5月3日〜27日に初主演ミュージカル『LOVEセンチュリー〜夢は見なけりゃ始まらない〜』を東京・日生劇場で上演した。これには既に卒業していた中澤裕子も出演した。
2001年8月には、人気芸能人の証と言われる24時間テレビ「愛は地球を救う」（日本テレビ系）のメインパーソナリティとなる。この年の企画やドラマ『最後の夏休み』（安倍なつみ主演）が好評で、翌2002年8月も2年連続でメインパーソナリティを務める。
2001年8月26日にテレビ東京系で放送された『LOVEオーディション21』の結果、5期メンバーとして高橋愛・紺野あさ美・小川麻琴・新垣里沙が加入し、史上最多（当時）の13人体制となる。
[編集] 2002年〜2004年
2002年に入ると、1月2日にスペシャルドラマ『モーニング娘。新春!LOVEストーリーズ』（TBS系）が放送され、5月24日〜6月23日にはミュージカル『モーニング・タウン』を上演した。
2002年5月の長者番付では、当時在籍していた4期までのメンバーが公示された。辻希美と加護亜依は当時中学生だったので特に話題になった。翌2003年以降も公示された納税額は減少しているものの、何人かが公示された。ただし5期以降のメンバーは一度も公示されたことはない。
2002年7月31日に後藤と保田の卒業発表やタンポポ・プッチモニ・ミニモニ。のメンバーチェンジ発表などを行ったが、それぞれのファンからは大反発を受けた。本グループおよび同卒業メンバーのファンサイト上ではこのハロプロ構造改変を「7・31」や「ハローマゲドン」と呼ばれていた（「この構造改変が必ずしも人気低下の原因ではない、ハロプロ自体は構造改変の後に全盛期を迎えている」という意見もある）。
なお、この後、メンバーの卒業発表は卒業期日よりかなり前に発表されることになる。特に2003年8月の安倍なつみの卒業決定から2005年5月の石川梨華の卒業までの間は常に「卒業時期がすでに決定しているメンバー」が在籍していた。
2002年12月から2003年1月にかけて、卒業した後藤真希とハロー!プロジェクト・キッズ（6月30日デビュー）との共演で映画『仔犬ダンの物語』が上映された（ただし出演したのは併映作であるミニモニ。主演作品に出演した当時のミニモニ。のメンバーと高橋愛を除いた8人およびハロー!プロジェクト・キッズのうち須藤茉麻・菅谷梨沙子・鈴木愛理・萩原舞を除いた11人）。また、この映画の上映と合わせてアニメ映画『劇場版とっとこハム太郎 ハムハムハムージャ!幻のプリンセス』が上映され、卒業した後藤とともに「モーハムず」（後藤は「ゴハム」）として初の声優に挑戦した。
2003年1月には、『LOVEオーディション2002』の合格者発表（最終選考に残った亀井絵里・道重さゆみ・田中れいなの3人共加入）を前に、2002年3月からソロで活動していた藤本美貴の加入が発表される。藤本も含めてメンバーは史上最多（2006年12月現在まで）の16人となる（ただし16人での活動は同年5月の保田圭の卒業コンサートのみで、それまでに発売されたシングル2枚およびアルバム1枚は12人で出している。）。
2003年5月31日〜6月29日につんく♂と五木ひろしの共同プロデュースによるミュージカル『江戸っ娘。忠臣蔵』を明治座で上演した。(６期メンバーからは藤本美貴のみ参加)
2003年8月には、石川梨華に代わって紺野あさ美と藤本美貴がカントリー娘。の助っ人として呼ばれ、『カントリー娘。に紺野と藤本（モーニング娘。）』として活動を開始した。
2003年9月には、新展開として15人のメンバーを『モーニング娘。さくら組』『モーニング娘。おとめ組』の2つに分けての活動も開始し、それぞれシングルCDを2枚ずつリリースし、組ごとの全国ツアーも行った。しかし、辻希美と加護亜依の卒業後は正式なアナウンスがないまま2組共活動休止状態となる。
2004年1月に長くエース格にあった安倍なつみが卒業した。さらに同月には辻希美と加護亜依が揃っての卒業発表、そして5月には飯田圭織と石川梨華の卒業も発表され、人気メンバーが相次いで卒業することになる。
2004年5月29日〜6月13日にミュージカル『HELP!熱っちぃ地球を冷ますんだっ』を上演した。その後19日と20日には幕張メッセで初の「モーニング娘。“熱っちぃ地球を冷ますんだっ。”文化祭」を開催した。この時期には小池百合子環境大臣を表敬訪問するなど、環境問題について真剣に取り組むイベントが増える。
2004年8月には辻希美と加護亜依が揃って卒業した。この時既に2人はユニット「W」を結成し、活動を開始していた。
2004年9月にはメインで歌える『エース』となるべき7期メンバーの募集を行った（『ラッキー7オーディション』）が、翌2005年1月の最終選考の結果、エースと呼べる程までの人材がいないという理由で、前代未聞の「該当者なし」という結果に終わる。
2004年12月31日の第55回NHK紅白歌合戦では、先に卒業した辻希美と加護亜依のユニットWと共演し、初の複数ユニットによるメドレーを行った。
[編集] 2005年〜2007年
2004年末から松浦亜弥と共演したEPSON「カラリオ」のCMに出演。なお、モーニング娘。としてのテレビCM出演はこれ以降現在まで無い。
2005年1月に2代目リーダーだった飯田圭織が卒業し、結成当時の第1期メンバーはすべて卒業した。
2005年2月より『モーニング娘。オーディション2005』を行い、5月に久住小春が7期メンバーとして加入した。このオーディション開催中の4月14日に3代目リーダーだった矢口真里が恋愛スキャンダルでグループを辞し、吉澤ひとみが4代目リーダーに就任した。
2005年5月7日に石川梨華が卒業した。なお、石川は2004年9月に自らをリーダーとする美勇伝を結成している。
2005年8月27日に27thシングル『色っぽい じれったい』で「LOVEマシーン」以来6年ぶりとなる握手会イベント『「モーニング娘。/色っぽい じれったい」発売記念東名阪握手サーキット』を横浜・名古屋・大阪で開催した。メンバー10人が3組に分かれ、それぞれの組が1日で3会場を移動し、各地でイベントを行った。
2005年10月にパシフィコ横浜にて「モーニング娘。“熱っちぃ地球を冷ますんだっ。”文化祭2005 in 横浜」を開催した。今回も環境問題を重要に受け止め、地球温暖化問題をアピールし、自然の大切さを訴えかけた。なお、同地では2006年9月にも第3回を、2007年10月にも第4回を開催。
2005年12月31日の第56回NHK紅白歌合戦では、卒業メンバー（引退または事務所を移籍した福田明日香・石黒彩・市井紗耶香を除く）を加えた19名の特別編成で出場し、スキウタ紅組1位の曲となった『LOVEマシーン』を歌った。この年は松浦亜弥→DEF.DIVA→新旧モーニング娘。のメドレーとなった。
2006年3月に発売された29thシングル『SEXY BOY〜そよ風に寄り添って〜』の売り上げは、結成時手売り条件の5万枚をオリコン累計で割り込んだ。
2006年7月には久住小春が初のモーニング娘。内ユニット（ソロユニット）月島きらり starring 久住小春 (モーニング娘。)でCDシングルデビューした。また、9月にはGAMで藤本美貴も松浦亜弥とともにユニット活動を開始する。現役メンバーを含むユニットによるシングルCDの発売はカントリー娘。に紺野と藤本（モーニング娘。）の2004年8月以来2年1か月ぶりである。
2006年7月23日には紺野あさ美が学業専念のために、8月27日には小川麻琴が語学留学のためにそれぞれ卒業した。小川はハロー!プロジェクトに籍を残したまま留学へ向かうのに対し、紺野は同時にハロプロからも卒業となった。ハロプロでの活動継続を公言しない卒業は市井紗耶香以来、「勉学」による芸能活動休止は福田明日香以来である。前の卒業者である石川梨華との間には1年2か月の開きがあり、卒業の間隔としては中澤裕子と後藤真希の1年5か月に次ぐ長さである。加入も計算に含めた同一メンバー構成の維持された期間としては、5期加入から後藤卒業までの1年1か月を上回り最長となる。同一メンバー構成でシングルを4枚リリースするのも過去最多記録である（これまでの記録は2nd〜4th、13th〜15th、16th〜18th並びに19th〜21stのそれぞれ3枚。）。なお、紺野は翌2007年7月15日からハロー!プロジェクトに復帰し、ソロとして在籍している。
2006年8月1日〜27日に宝塚歌劇団と共同制作した『リボンの騎士ザ・ミュージカル』を上演した。当初は紺野あさ美もこのミュージカルに出演する予定だったが、前述の卒業発表で出演できなくなった。また、小川麻琴はこのミュージカルを最後に卒業している。
2006年10月31日〜12月3日の2006世界バレーでは、WaT×ハロー!プロジェクトとしてWaT、DEF.DIVA、Berryz工房と共にオフィシャルサポーターに任命された。主にWaTが女子大会に対して、ハロー!プロジェクトは男子大会の宣伝・応援を行った。
2006年11月8日発売の31stシングル『歩いてる』では、2003年4月の18thシングル『AS FOR ONE DAY』以来3年7か月ぶりとなる通算10枚目のオリコンシングルチャート週間1位を獲得し、ピンク・レディーの9作を抜いて女性グループ歴代首位に立った。6・7期メンバーにとっては初の1位となった（藤本美貴はごまっとう名義の『SHALL WE LOVE?』で1位獲得経験あり）。
2006年7月30日より『モーニング娘。Happy8期オーディション』を開催し、12月10日に光井愛佳が8期メンバーとして加入することが発表された。
2006年12月31日の第57回NHK紅白歌合戦に「GAM&モーニング娘。」として出場した。この回でもメドレー形式となったが、光井愛佳は出場しなかった。
2007年に入ると、1月2日に『Hello! Project 2007 Winter〜ワンダフルハーツ 乙女Gocoro〜』の初日の東京公演において『モーニング娘。コンサートツアー2007春〜SEXY 8 ビート〜』の最終日である5月6日をもって吉澤ひとみがモーニング娘。を卒業し、リーダーとサブリーダーがそれぞれ藤本美貴と高橋愛になることが発表された。また、同時期に卒業メンバーの安倍なつみ・飯田圭織・後藤真希および現役メンバーの新垣里沙と久住小春の5人で「モーニング娘。誕生10年記念隊」を結成した。
2007年3月15日に中国人2名（ジュンジュン・リンリン）の8期（留学生）メンバーとしての加入が発表された。[11]
2007年5月7日付けのオリコンチャートにおいて、モーニング娘。の総シングル売上枚数が1108.5万枚となり、ピンク・レディーを抜き女性グループで歴代1位となった。
2007年5月6日に吉澤ひとみが卒業し、ASAYANでオーディションを受けて合格したメンバーはすべて卒業した。
2007年6月1日に恋愛スキャンダルで5代目リーダーだった藤本美貴がグループを辞し、高橋愛が6代目リーダーに就任した。
2007年9月には誕生10周年を記念して、東京と大阪でモーニング娘。10年記念展を開催した。
2007年10月24日にこれまでに発売された34枚のシングルとハロー!プロジェクト10周年記念曲の全35曲を収録した『モーニング娘。 ALL SINGLES COMPLETE 〜10th ANNIVERSARY〜』（CD2枚組）を発売した。
[編集] 特徴
ここでは、モーニング娘。でしか見られない現象について記す。
[編集] 教育係
このグループには、「教育係」という名目で先輩が後輩に指導するならわしがある。中でも3・4期メンバーでは「ASAYAN」で教育指導の模様が放送されている。
2期メンバー
教育係の制度はなかった。しかし、ASAYANでは中澤裕子が叱っている姿が放送された。
3期メンバー
市井紗耶香→後藤真希
4期メンバー
保田圭→石川梨華（テーマ: 歌）
矢口真里→吉澤ひとみ（テーマ: 表現力） 飯田圭織→辻希美（テーマ: リズム）
後藤真希→加護亜依（テーマ: 挨拶、礼儀）
5期メンバー
教育係の制度はない。
なお、2001年11月2日に放送されたミュージックステーション（テレビ朝日系）での5期メンバー初登場時に、吉澤ひとみ→高橋愛、石川梨華→小川麻琴、安倍なつみ→紺野あさ美、矢口真里→新垣里沙、という組み合わせで新メンバーの紹介を行った。これを聞いたタモリが「教育担当者が決まっているんですね」と感想を述べたのに対してその場では誰も否定しなかったため、この組み合わせが教育係だと言われたこともあったが、後にメンバーの発言[要出典]によって明確に否定されている。
6期メンバー
教育係という呼び方はされなかったが、代わりに「6期メンバーとほぼ入れ替わりで卒業する保田圭が6期メンバーにモーニング娘。の精神を伝える」という企画が2003年5月11日の「ハロー!モーニング。」（テレビ東京系）で放送された。なお、2007年11月に行われたYahoo!ライブトークでは保田圭が6期メンバーの教育係であったとされている[12]。
7期メンバー
道重さゆみ→久住小春
8期メンバー
今のところ発表はない。
